מטרת התכנית לניהול סיכוני שיטפונות הנה מעבר לתכנון אסטרטגי במקום ביצוע נקודתי והיא כוללת (1) גיבוש תמונת מצב עתידית של הפיתוח בתחום האגן (2) גיבוש בסיס מידע אודות סיכוני הצפות בתחום פשט\י הצפה באגן הניקוז, (3) בניית תכנית מענה אגנית המורכבת ממגוון פתרונות להימנעות מיצירת הנזקים ולצמצום הנזקים תוך שימוש בכלים תכנוניים וכלכליים.
עבודה לפי המתודולוגיה תאפשר להגיע לתוצאות הבאות:

1. הערכת מיקום פשט ההצפה העתידי של הנחלים לאור תרומת הנגר העתידית מאזורים מפותחים, התורמים את הנגר למורד.
2. הערכת גובה הנזק הכלכלי הפוטנציאלי בפשט ההצפה העתידי בחלופת האפס (חלופת המשך מצב קיים “Do nothing”’ כלומר חלופה שבה לא נעשה דבר על מנת לצמצם את ההצפות והנזק.
3. התראה לגבי שימושים רגישים המצויים כבר כיום בסכנת הצפה, אשר רצוי לשקול למצוא עבורם פתרונות נקודתיים מידיים.
4. טיוב התכנון בכל הרמות – שימוש באסטרטגיות מניעה והתאמה: הסטת פיתוח מתוכנן לאזור שמחוץ לאזור הסכנה, או ביצוע התאמות מסוגים שונים של התכנון והפיתוח באופן שיצמצם את פוטנציאל הנזק.
5. טיוב השימוש באסטרטגיית ההגנה – בחינה והשוואה בין חלופות שונות של פתרונות הנדסיים – אקו-הידרולוגיים כמענה להגנה על שימושי קרקע קיימים כיום, או כאלו שלא ניתן לייצר שינוי משמעותי בתכנון שלהם – באופן הממקסם את התועלת של חלופת ההגנה. זאת באמצעות שימוש בכלי בחינה של עלות-תועלת, אשר מפנימים גם את עלויות הפרויקט לצד תועלות כלכליות (הנזק שנחסך) ותועלות נוספות, כגון יצירת שטח ציבורי פתוח איכותי לתושבים הגרים בסביבת הנחל.
6. שמירה על שטחים פתוחים, ומניעת פיתוח, באזורים במעלה אגן הניקוז שיידרשו לצורך ניהול נגר בעתיד.
7. בניית כלי עבודה ומערכי עבודה שיאפשרו טיפול שוטף מיטבי ביוזמות תכנוניות בתחום אגן הניקוז.