חשוב להבהיר כי העבודה מתבצעת בתנאים רבים של אי-ודאות ועם זאת, תוצריה מאפשרים קפיצת מדרגה משמעותית ונדרשת בעולם קבלת ההחלטות הן בנושאי תכנון והן בנושאי הידרולוגיה, ובעיקר, בקשר שבין השניים, ובהשפעה ההדדית שלהם אחד על השני, כך שניתן לראות את התמונה האגנית המלאה בצורה נהירה. אי הוודאות בעבודה הנוכחית באה לידי ביטוי בנושאים הבאים:

חוסר ודאות הידרולוגי- האפשרות לחזות במדויק את עצמת אירועי הגשם ומיקומם, רציפות הופעתם, תגובת השטח לאירוע, חסימת ערוצי זרימה וכו' היא מוגבלת. במקרים מסוימים- היעדר נתוני ספיקה בנחלים דורשים הפעלת מודלים נוספים שמכניסים דרגות נוספות של אי-וודאות.
חוסר ודאות אקלימי – השפעותיו העתידיות של משבר האקלים על משטר הגשמים (תדירות, עוצמת ומשך אירועי הגשם) אינן ודאיות. המדריך גיבש הנחות יסוד מחמירות בנוגע לביטוי של תחזיות פיתוח ואופן הפיתוח, כך שנושא שינוי האקלים יקבל ביטוי באמצעות מקדם ההגנה הנוסף שהנחות אלו מספקות.
חוסר ודאות תכנוני – היקף מימוש התכנון והפיתוח אינו ידוע, שכן ישנן תכניות ברמות שונות, חלקן לא מפורטות, שלא ניתן לדעת האם ומתי ימומשו ובאיזה אופן (האם יתחשבו בשיקולי ניהול נגר או לא, אילו שימושים בדיוק ימוקמו בכל מקום). ישנן גם תכניות מפורטות שלא ממומשות לעיתים משיקולים שונים.

הגישה המוצעת במדריך זה הינה קביעת סט הנחות יסוד מנומקות, המבוססות על תרחישים מחמירים, ועבודה על פיהן. כמו כן, ניתנת גמישות לצוות התכנון להתערב ולשנות חלק מהנחות היסוד בהתאם לממצאים שעולים מהחקירה של המאפיינים הספציפיים של אותו האגן ולעקרון המהותיות.

ההנחה העומדת בבסיס העבודה בנוגע לחישוב פוטנציאל הנזק הכולל בתחום פשט ההצפה היא שבמקומות מסוימים ההערכה תהיה בחסר, ובמקומות אחרים בעודף, אך ההערכה הסופית תהיה סבירה כתוצאה מהקיזוז בין העודף והחסר.