מטרת חלק זה של העבודה היא למפות את כל הנושאים במרחב הקשורים בניהול נגר, החל ממיפוי של הנחלים, אגנים, תתי אגנים, פשטי הצפה, ועוד. בהתבסס על נתונים אילו יחושב פוטנציאל הנזק העתידי בתחום אגן הניקוז – איפה בשנת 2040, על סמך המידע התכנוני  וההידרולוגי העדכניים כיום, יהיו הנזקים הכבדים ביותר, ומה יהיה ערכם. התוצאות יתקבלו בשתי רמות:
מרחבית – תוצג מפה של אזור הסכנה (אזור מוצף), וחלוקה שלו לתתי אזורים לפי מידת הנזק המשוקלל הצפויה בכל אזור.
כלכלית – יוצג חישוב של פוטנציאל הנזק הכולל בכל הסתברות של אירועי שטפון והצפה, וכן תוחלת נזק שנתית.
בנוסף, התוצאות יאפשרו ביצוע חיתוך של פוטנציאל הנזק לפי סוג התכניות השונות, סוג שימושי הקרקע, לרבות שימושי קרקע חקלאיים, חיתוך לפי תחומי שיפוט של רשויות מקומיות, רשויות ניקוז ועוד.

הנחות יסוד לשלבי סקר הסיכונים
א. העבודה מניחה מימוש מלא של האזורים המוגדרים לפיתוח בכל סוגי התכניות הידועות בעת הכנת התכנית – מפורטות, כוללניות, ואזורים המיועדים לפיתוח בתכניות מתאר מחוזיות ובתכנית האסטרטגית 2040 -. מובהר כי במקרה בו קיימת תכנית לפיתוח מכל סוג בשטח מסוים, גם אם לא מומשה, העבודה תתייחס לפיתוח המתוכנן ולא לשימוש הקיים בפועל (כולל שימוש חקלאי).
ב. הצפות בשטח בנוי יפגעו רק במפלס הקרקע (קומת הקרקע) ובקומות תת קרקעיות במידה וקיימות (שתיים לכל היותר).
ג. יתקיים מימוש מלא של תכניות ברמה מתארית (מאושרות ובהכנה), תכניות מאושרות ברמה מחוזית ומתחמים לפיתוח בתכנית האסטרטגית לדיור (הנזק בשטחים אלו יחושב בנפרד עבור כל סוג תכנית (אסטרטגית, תמ"מ, כוללנית, מפורטת).
ד. הפיתוח החדש מייצא 100% מהנגר (הנחיה מחמירה של מנהל התכנון)
ה. גידולים ומבנים חקלאיים – יישארו ללא שינוי ביחס לנתונים העדכניים.
ו. פוטנציאל נזק במבנים קיימים שאינם מוסדרים סטטוטורית בתכנית (אינם מופיעים בשכבות תכנון) – בהתאם להחלטת רשות הניקוז.
ז. מפלס הפיתוח של בניה מתוכננת באזור פשט הצפה אינו מורם.
ח. התכנית אינה מתייחסת לשטחי הצפה מנותקים מנחל, אשר ההצפה בהם נגרמת כתוצאה משקע טופוגרפי שבו נצברים מי גשם.
ט. התכנית אינה מתייחסת לשטחי הצפה שנוצרים כתוצאה מכשלים במערכת הניקוז המקומית של יישובים.